Praktycznie od samego początku istnienia zamek stanowił obiekt sporów i walk pomiędzy arcybiskupstwem, a monarchami Danii.
Gdy w 1259 roku wojska arcybiskupa zniszczyły znajdującą się w centrum wyspy twierdzę Lilleborg, Hammershus stał się główną siedzibą władz Bornholmu. W 1522 roku twierdza wraz z całą wyspą w ramach spłaty długu została przejęta na 50 lat przez niemiecką Lubekę. Wtedy też dokonano ostatniej większej rozbudowy zamku, który nadał mu ostateczny kształt. W tamtym czasie oprócz potężnych obwarowań, w skład całego terenu zamku wchodziły także liczne budynki mieszkalne dla wojska, areszt, kościół zamkowy, kuchnia, kilka spichlerzy, stajnie i obory oraz browar.
Mimo iż zamek wybudowano na dużej wysokości nad poziomem morza (około 75 metrów), budowniczym udało się w obrębie Hammershus stworzyć dwa stawy z wodą pitną, które przetrwały do dziś. Na początku XVII wieku z uwagi na rozwój artylerii, zamek utracił swoje znaczenie strategiczne i od tego czasu zaczął popadać w ruinę. W kolejnych wiekach mury zrujnowanej warowni wykorzystywane były jako budulec przez mieszkańców okolicznych wsi, a także do budowy twierdzy na wyspie Christiansø.
Stan ten trwał do 1822 roku, kiedy to władze duńskie nadały zamkowi status zabytku. W chwili obecnej ruiny zamku Hammershus są w pełni zabezpieczone i stanowią jeden z największych tego typu obiektów w północnej Europie. Warto także zwrócić uwagę na prowadzący do ruin potężny średniowieczny kamienny most, który jest jedynym tego typu zabytkiem, jaki można spotkać dziś na terenie całej Danii.